在光學顯微鏡的樣品制備過程中，樣品的切片厚度在2～25um之間；電鏡的切片厚度在50-100nm以內(nèi)（高壓電鏡除外，其樣品厚度可達到1um），所以采用的切片方法，也不盡相同。

在載體方面，光學顯微鏡的的切片的載體是玻片，而電鏡切片的載體是載網(wǎng)。

在固定方面，光學顯微鏡的切片使用復合固定液固定，而電鏡切片，只用單一固定液進行重復固定

在染色方面，光學樣品的染色較為簡單，根據(jù)不同的觀測樣品及光學顯微鏡的類型，通常以固定的一些染色劑染色就行了。而電鏡樣品再染色方面的方法很多，而且也很復雜，比如負染色、銀染色等等。

在包埋方面，光學顯微鏡切片使用石蠟、火棉膠、明膠等做包埋劑；電鏡切片則用環(huán)氧樹脂、聚苯乙烯樹脂、異丁烯樹脂及水溶性樹脂等做包埋劑。

為了使顯微鏡的視野能受到均勻而又充分的照明，在顯微鏡初次安裝和調(diào)試時，就必須把照明光路系統(tǒng)調(diào)整好，這是正確使用顯微鏡，并獲得正確、可*結(jié)果的重要手段和*基本的要求。此外，正確掌握照明光路系統(tǒng)的調(diào)整，是使用顯微鏡過程中更換光源燈泡后所必經(jīng)的步驟，也是在日常使用過程中不時地檢驗顯微鏡性能的必要手段。顯微鏡照明光路系統(tǒng)的調(diào)整主要有以下4項內(nèi)容：1．照明光源燈室在顯微外的初步調(diào)整① 首先將燈室的外殼打開，壓彈簧夾子將鹵素燈泡裝入插座中，安裝時避免手指直接接觸燈泡（可用柔軟的布或紙隔?。?，以免燈泡上留有指紋等臟物，影響燈泡的使用壽命。②把燈室擺在桌面上，接通電源后，用專用的螺絲刀調(diào)節(jié)燈的調(diào)焦旋鈕孔（標有“←→”），使燈絲投影在1-2m外的墻上，將燈絲成像調(diào)至清晰；然后調(diào)節(jié)燈的高低位置調(diào)節(jié)絲孔（標有“──”），使燈絲位置高低適當；再調(diào)節(jié)燈的左右位置調(diào)節(jié)螺絲孔（標有“──”），使燈絲左右位置合適。

2．光源發(fā)光體（燈絲）在顯微鏡內(nèi)位置的檢驗和校正　目的是為了把發(fā)光體的像端端正正地調(diào)入物鏡的視域范圍內(nèi)，從光源的角度去確保顯微鏡的視域受到充分而均勻的照明，這是調(diào)整庫勒照明系統(tǒng)的前提條件。需要的基本工具：對中望遠鏡購置顯微鏡時已配備。① 拔掉燈庫內(nèi)的毛玻璃套筒，把燈室裝回顯微鏡上②選用10×物鏡，開亮光源程序找樣品并調(diào)焦清晰，再換用40×物鏡把樣品調(diào)焦清晰（40×物鏡可以看清燈絲的全貌）；③把聚光鏡的孔徑光闌和視場光闌均開到*大；④拔掉其中一個目鏡，換上對中望遠鏡，抓住白色部分，另一手伸縮黑色接目鏡，就可在視野中看到燈絲像；⑤如燈絲位置不合適，調(diào)“──”孔，把燈絲像沿水平方向調(diào)好，調(diào)“──”孔， 把絲像沿垂直方向調(diào)好，直至將燈絲像調(diào)至剛好充滿物鏡孔徑的光圓像；⑥調(diào)整完畢后，將毛玻璃套筒插回原位，拔掉對中望遠鏡，換回目鏡作下一步調(diào)整。以上所述照明光源燈室在顯微鏡外的調(diào)整和光源發(fā)光體在顯微鏡內(nèi)位置的校驗，只需在顯微鏡初次安裝調(diào)試及更換燈泡時進行，平時使用顯微鏡時不能隨意亂調(diào)亂動。萬一調(diào)亂時，可按上述步驟調(diào)回原狀。

3．庫勒照明（Kohler）系統(tǒng)的正確調(diào)整　顯微鏡的正確調(diào)試，主要工作之一是照明光路系統(tǒng)的調(diào)整，而其中的關鍵是庫勒照明系統(tǒng)的調(diào)整。對于每一位使用顯微鏡的人員，特別是作顯微照像的人員來說，應該對庫勒照明系統(tǒng)的原理及其調(diào)整步驟有一定的了解和掌握，才能充分發(fā)揮顯微鏡應有的功能，拍出來的照片才能在效果上比較一致而又完善。庫勒照明系統(tǒng)的原理簡單來說就是：光源發(fā)光體上任意一點發(fā)出的光，可以照明顯微鏡的視域范圍，而光源發(fā)光體上每一點所發(fā)出的光匯集起來，在顯微鏡的視域中就實現(xiàn)了非常充分而又均勻的照明。調(diào)整庫勒照明系統(tǒng)的目的，是為了使所觀察的視域能獲得均勻而又充分的照明，防止雜散光對照像系統(tǒng)造成影響或干擾，以免照像時在底片形成灰霧。高調(diào)整庫勒照明系統(tǒng)的必要部件：視場光闌、可進行合軸調(diào)整的聚光鏡系統(tǒng)。① 選用10×物鏡和10×目鏡② 把聚光鏡前端透鏡擺進光路中，孔徑光闌調(diào)至適中的位置上（不大不?。侔丫酃忡R升到*頂?shù)奈恢蒙?，聚光鏡轉(zhuǎn)盤調(diào)至明視野“J”位置③ 把視場光闌調(diào)至*小（0.1）

④ 載物臺上放上已封片的生物樣品，開亮光源，調(diào)焦清晰

⑤ 視域中會出現(xiàn)一個局部照明的區(qū)域或亮斑，這是視場光闌的模糊像，在其中可以清晰地看到樣品的細節(jié)；在它之外是較暗的視域，不一定能把樣品的細節(jié)看得清楚

⑥把聚光鏡微微地向下調(diào)，使視野中的亮斑逐漸收小，慢慢變成一個清晰的多邊形象，這便是視場光闌的清晰像；

⑦一般情況下，多邊形象并不在視域中央，需要調(diào)整聚光鏡的一對調(diào)中螺絲，把視場光闌多邊形的像調(diào)至中央位置；

⑧逐漸開大視場光闌，使多邊形象成為視域的內(nèi)接多邊形，進一步核對調(diào)中的狀況，如對中不夠理想，繼續(xù)微微調(diào)對中螺絲；

⑨將視場光闌稍為再微微開大一些，使它的多邊形象恰好消失在視域的邊緣上，至此，庫勒照明系統(tǒng)調(diào)整完畢。庫勒照明系統(tǒng)調(diào)整好以后，整個視域照明均勻，拍攝的顯微照片明亮清晰，反差正常。